Inició su carrera en un frío invierno madrileño, cuando tenía 29 años de edad, en 1994 orientado por el escritor peruano Mario Vargas Llosa. Éste último lo introdujo en la editorial española Seix Barral, con la que Bayly publicaría sus primeras tres novelas. En 1997 publicó su cuarta novela, esta vez con Editorial Anagrama, la novela se hizo merecedora del Premio Herralde de Novela, otorgado por la mencionada editorial. Sus siguientes tres obras las publicó también con Anagrama. Finalmente en 2002 publicó su octava novela con la Editorial Planeta, casa editora con la que también publicaría sus dos siguientes novelas, y con la que mantiene vínculos en la actualidad. Cabe señalar que su décima novela, Y de repente, un ángel, quedó finalista en el Premio Planeta 2005, perdiendo el primer puesto ante Pasiones romanas de la española María de la Pau Janer.

Muchas de las novelas de Bayly giran en torno a los temas de la homosexualidad, la bisexualidad y la drogadicción. Otros elementos recurrentes en sus obras son los escenarios de la ciudad de Lima, la alta sociedad peruana y los conflictos en las relaciones interpersonales, en donde también se presentan posturas diferenciadas respecto a lo religioso.

Novelas

• 1994: No se lo digas a nadie (adaptada al cine por Francisco J. Lombardi en 1998).
• 1995: Fue ayer y no me acuerdo.
• 1996: Los últimos días de La Prensa.
• 1997: La noche es virgen (premio Herralde de Novela 1997).
• 1998: Yo amo a mi mami.
• 2000: Los amigos que perdí .
• 2002: La mujer de mi hermano (llevada al cine por Ricardo de Montreuil y Stan Jakubowicz en 2004; ganadora del premio “Lo Nuestro” en julio del 2007).
• 2004: El huracán lleva tu nombre.
• 2005: Y de repente, un ángel (finalista del Premio Planeta 2005).
• 2008: El canalla sentimental.
• 2009: El cojo y el loco

Otros

• 2001: Aquí no hay poesía (poesía).
• 2002: El Francotirador (crónica política y relatos cortos).